Mae hanes Dragon yn mynd yn ol i 1938 pan oedd gan John Owen Roberts weledigaeth i weld ffermwyr llaeth yn gweithio gyda'i gilydd er mwyn gallu marchnata cynnyrch eu hunain
Dewiswyd lleoliad i’r hufenfa yn ofalus. Cafodd Rhydygwystl ei ddewis oherwydd ei fod yn hwylus rhwng Llyn ac Eifionydd, a bod y ddwy ardal bryd hynny, ac heddiw yn nodweddiadol am dyfu porfa o safon, yn sgil y gwynt ysgafn o ffrydiau gwlff yr Iwerydd.
Pob dydd yn ystod yr Ail Ryfel Byd roedd llefrith yn cael ei cludo mewn caniau llaeth ar dren o Chwilog i drefi Gogledd Orllewin Lloegr. Rhoddodd hyn hwb mawr oedd ei angen i'r Hufenfa a dosbarthwyd yr elw ychwanegol a gynhyrchwyd fel taliadau bonws i'w haelodau.
Cyrhaeddodd cynhyrchiant llaeth ei lefel uchaf erioed a phenderfynwyd ar ddiwedd y 1950au y byddai caws yn opsiwn da i'r llaeth dros ben.
Dechreuodd y safle gynhyrchu yn 1959 gan greu'r brand 'Caws Llŷn'. Profodd hwn yn frand poblogaidd sy'n dal i gael ei gydnabod yn lleol heddiw.
Yn 2004 ail-frandiodd yr hufenfa eu cynnyrch cheddar gan lawnsio y brand 'Dragon' sy'n adnabyddus heddiw.
Cawsiau wedi'u gwneud â llaw (Ch-Dd Cheddar Cymreig o Geudwll, Cheddar Aeddfed wedi ei Gochi, Cheddar Aeddfed gyda Halen Mor Halen Mon a Cheddar Cymreig o Geudwll gyda Wisgi Penderyn).